Issu d’une famille de musiciens, Frédéric Desenclos travaille l’orgue auprès de Gaston Litaize et d’André Isoir, remporte les premiers prix d’orgue et complète sa formation par des études d’écriture et d’histoire de la musique au C.N.S.M. de Paris ainsi que des études de clavecin et de musique de chambre. Lauréat de l’European Organ Competition de Bolton (Grande-Bretagne 1992) et de l’Internationale Orgel Konkurrence d’Odense (Danemark 1994), organiste titulaire de la Chapelle royale du château de Versailles, Frédéric Desenclos est également professeur d’orgue au conservatoire d’Orléans et directeur musical de l’Ensemble Pierre Robert.

Son activité de concertiste le conduit à participer à de nombreuses manifestations musicales prestigieuses à Amsterdam, Barcelone, Denver, Gent, Haarlem, La Roque d’Anthéron, Lisbonne, Londres, Maastricht, Miami, Nantes, Poitiers, Riga, Rotterdam, Saintes, Stockholm, Toulouse, Utrecht, York, Zaragoza... tant en soliste qu’en duo avec des musiciens tels que Patrick Cohen-Akénine, Marc Coppey, William Dongois, Sergeï Nakariakov,..

Une large part de son activité discographique (une trentaine d’enregistrements) est consacrée au répertoire baroque dans des œuvres de Bach, Dandrieu, Grigny, Lasceux, du Mage, Racquet, Raison, Titelouze ; il a également enregistré les messes de François Couperin et une intégrale à l’orgue du « Clavier bien tempéré » de J.S Bach, en 4 cds,  rééditée à la fin de l’année 2009. Son dernier enregistrement, paru dans la collection Ugab chez Alpha, comprenant des œuvres de musique française baroque et romantique interprétées sur l’orgue historique de Lunéville, a été récompensé en mai 2011 dans la revue Gramophone par un editor’s choice .

En 2000, il crée l’Ensemble Pierre Robert, qui a réalisé plusieurs enregistrements consacrés à Charpentier, Couperin, Du Mont et Daniélis, tous distingués notamment par la critique internationale (cd del mese d’Amadeus, editor’s choice de Gramophone), avec lequel il se produit dans toute l’Europe et aux Etats-Unis.